Tras la creación de la actual Bolivia, el 6 de agosto de 1825, la provincia de Santa Cruz pasó a ser uno de los cinco departamentos de la recién creada República de Bolívar, con su capital en Sucre, donde estaba la Audiencia de Charcas.
Santa Cruz tuvo poca importancia durante los primeros 75 años de la nueva República de Bolívar, con relación a la región andina, donde se explotaba minerales, porque estaba habitado en su mayoría por indígenas y mestizos y estaba incomunicada por la falta de vías camineras y ferroviarias.
Posteriormente, en 1842, se crea el departamento de Beni con el desmembramiento de la provincia Moxos de Santa Cruz, por decisión del presidente José Ballivian (1941-1947), que tenía como objetivo modernizar la región y encontrar una salida al océano Atlántico.
El auge de la producción de goma elástica motivó la migración de cruceños a Beni en los últimos años del siglo XIX, buscando nuevas oportunidades laborales y abriendo mercados para la producción de Santa Cruz.
Con la creación de la República no hubo grandes cambios en la sociedad cruceña, que era básicamente mestiza y sumida en una pobreza material. Lo que llamó la atención de los exploradores extranjeros, que llegaron hasta esta zona, como el francés Alcides d’Orbigny era que estaba habitado en su mayoría por mujeres, debido a que los hombres estaban en la explotación de goma y en la actividad ganadera, y que la mayoría hablaba el castellano.
Además, la educación era parte importante en la sociedad cruceña y estaba a cargo de los religiosos de la Compañía de Jesús, lo que posteriormente dio pie al primer Colegio Seminario.
En el ámbito político, en esta época se destacan dos hechos: el levantamiento de Andrés Ibáñez (1876-1877) y la Revolución de los Domingos (1891). Se trata de movimientos que ocurrieron en medio de una crisis económica en la región y proclamaban ideas federalistas, que estaban vigentes en el país y en América Latina.