La actual iglesia de San Francisco es la única que no reemplaza a un antiguo edificio maderero, siendo construido originalmente por la Orden Franciscana entre 1856 y 1860. Estuvieron a cargo de la obra, el español Manuel Viudez y los italianos Damián Conti, Basilio Bruzo´ y Pedro Uni´a, convirtiéndose en la primera iglesia cruceña en ser ejecutada íntegramente en ladrillo y cal. Fue, también, la primera en ser resuelta con columnas clásicas sosteniendo bóvedas falsas de madera y su campanario fue el primero de la ciudad.
Sufrió´ varios cambios en los que participo´ el prior Camilo Agrazar, que también trabajo´ en las obras de la Jesús Nazareno y la Catedral. Su arquitectura neoclásica, de inspiración italiana, posee una portada a modo de espadan~a, que resulta fundamental en la historia cruceña, pues sus columnas toscanas inspiraron a los horcones de galería de la ciudad. Construida originalmente como hospicio, la actual casa conventual fue un albergue para los misioneros encargados de los pueblos misionales de Guarayos y de Chiquitos, durante la segunda mitad del siglo XIX y principios del siglo XX.
Los trabajos de restauración del convento y de la iglesia empezaron en 1986 y concluyeron en 1990. Es Patrimonio Nacional. De todos los templos cruceños, es la edificación religiosa más antigua de la ciudad. Aunque otras parroquias y la Catedral fueron creadas previamente, sus edificios son posteriores a esta iglesia, cuyo atrio exalta su elegante frontispicio y campanario.
Iglesia abierta
Todos los días: 6:00 y 18:00 (una hora antes de cada misa)