El actual edificio fue construido bajo la dirección del arquitecto italiano Simone Marchetti, como sede de la Prefectura y Palacio de Justicia en 1873-1892 (antes era ocupado por el Cabildo colonial).
Cuando se organizó la República, los bienes inmuebles virreinales pasaron a propiedad del Estado Boliviano y al dejar de existir los gobiernos municipales las instituciones estatales tomaron posesión de los antiguos terrenos y edificios correspondientes a los cabildos.
En Santa Cruz, la Prefectura y los Tribunales de Justicia tomaron posesión del Cabildo, ubicado en el frente sur de la Plaza de Armas 24 de Septiembre, al lado de la Catedral, denominado Casa de Gobierno a partir de 1825.
Desde entonces, albergó a los prefectos de turno, que eran al mismo tiempo comandantes de la Policía y a las Dependencias de Justicia. Durante la segunda mitad del Decimonónico, el incremento de sus actividades obligó a los Tribunales de Justicia a alquilar una vivienda para realizar sus tareas.
No es difícil imaginar que las condiciones del viejo edificio del Cabildo fueron empeorando hasta el punto que, en 1871, el Gobierno autorizó al Concejo Municipal presidido por Aquino Rodríguez, a financiar la ejecución de un nuevo edificio para la Casa de Gobierno.